Две и более выездные проверки по одним и тем же налогам за один и тот же период по общему правилу запрещены (п. 5 ст. 89 НК РФ). Повторная проверка — исключение: она идёт по тем же налогам и за тот же период независимо от времени предыдущей, и ограничения п. 5 при её назначении не действуют (п. 10 ст. 89 НК РФ).
Оснований два. Первое: проверку проводит вышестоящий налоговый орган — в порядке контроля за деятельностью налогового органа, проводившего проверку (подп. 1 п. 10 ст. 89 НК РФ). Не допускается решение вышестоящего органа по итогам такой проверки, которое меняет права и обязанности налогоплательщика, определённые не пересмотренным и не отменённым судебным актом по спору того же налогоплательщика с органом, проводившим первоначальную проверку.
Второе: проверку проводит налоговый орган, ранее проводивший проверку, на основании решения его руководителя (заместителя руководителя) — если налогоплательщик представил уточнённую декларацию (расчёт), где по сравнению с прежней уменьшена сумма налога (сбора, страховых взносов) к уплате, увеличена заявленная к возмещению сумма НДС или акциза либо увеличена сумма полученного убытка. Предмет — правильность исчисления налога (сбора, страховых взносов) или определения убытка на основании изменённых показателей, повлёкших это уменьшение или увеличение (подп. 2 п. 10 ст. 89 НК РФ).
При повторной проверке может быть проверен период, не превышающий трёх календарных лет, предшествующих году, в котором вынесено решение о её проведении (п. 10 ст. 89 НК РФ). Нарушения, не выявленные первоначальной выездной проверкой, не влекут налоговых санкций, кроме случаев, когда их не выявили из-за сговора налогоплательщика с должностным лицом налогового органа.