Проведение документарной проверки охватывает имеющиеся документы, результаты предыдущих мероприятий и материалы административных дел — ч. 2 ст. 72 Закона № 248-ФЗ. Документарные проверки организации касаются исключительно сведений в документах по предмету ч. 1 ст. 72 Закона № 248-ФЗ.
Организация документарной проверки допускает передачу документов через порталы госуслуг и приложение «Инспектор» — ч. 1.1 ст. 72 Закона № 248-ФЗ. Особенности проверки сведений, составляющих государственную тайну и находящихся у контролируемого лица, может установить положение о виде контроля — ч. 8 ст. 72 Закона № 248-ФЗ.
Внеплановая документарная проверка требует согласования с прокуратурой, кроме оснований п. 3, 4, 6, 8 ч. 1 ст. 57 Закона № 248-ФЗ — ч. 9 ст. 72 Закона № 248-ФЗ. Это поручение Президента РФ или Правительства РФ о мероприятиях в отношении конкретных контролируемых лиц; требование прокурора в рамках надзора по поступившим материалам и обращениям; событие программы проверок, если проведение мероприятий по программе установлено федеральным законом о виде контроля.
Ещё одно исключение — сведения о деятельности без обязательного уведомления о её начале, без включения средства размещения в реестр классифицированных средств размещения, без лицензии на виды деятельности из пунктов 6–9.1, 11, 12, 14–17, 19–21, 24–31, 34–36, 39, 40, 42–55 и 59 перечня лицензируемых видов деятельности либо без обязательных сведений для регистрации в государственной системе мониторинга оборота маркируемых товаров. В этих случаях прокуратуру по месту объекта контроля извещают в течение двадцати четырёх часов — п. 8 ч. 1 ст. 57 Закона № 248-ФЗ.