Лицензирование в сфере внешней торговли товарами — разрешительный режим для отдельных видов товаров, а не для всей деятельности компании. По ч. 1 ст. 24 Закона № 164-ФЗ его устанавливают при временных количественных ограничениях экспорта или импорта, при разрешительном порядке для товаров, которые могут оказать неблагоприятное воздействие на безопасность государства, жизнь или здоровье граждан, имущество, окружающую среду, жизнь или здоровье животных и растений, при предоставлении исключительного права, выполнении международных обязательств Российской Федерации и тарифных квотах на ввоз и вывоз.
Лицензия — основание для конкретной операции: без неё таможенные органы отказывают в выпуске (ч. 2 ст. 24 Закона № 164-ФЗ). Выданные лицензии попадают в федеральный банк, который формирует и ведёт уполномоченный орган (ч. 3 ст. 24 Закона № 164-ФЗ).
Рядом стоят два других режима. Наблюдение — временная мера мониторинга, и для него выдают разрешения, а не лицензии (ч. 2 ст. 25 Закона № 164-ФЗ). Экспортный контроль — отдельное лицензирование внешнеэкономических операций с контролируемыми товарами и технологиями, включая передачу прав на них иностранным лицам (п. 1 ст. 19 Закона № 183-ФЗ).
Платежи, связанные с лицензированием, кроме таможенных пошлин и иных налогов, не должны превышать приблизительную стоимость оказанных услуг и служить защитой товаров российского происхождения или обложением в фискальных целях (ч. 1 и п. 2 ч. 2 ст. 30 Закона № 164-ФЗ).