Рассмотрение жалобы вышестоящим налоговым органом — стадия досудебного спора, на которой решение инспекции проверяют по жалобе и документам заявителя, дополнительным документам, поданным до решения, и материалам нижестоящего налогового органа (п. 2 ст. 140 НК РФ). Жалобу рассматривает руководитель, заместитель руководителя или уполномоченное должностное лицо вышестоящего органа либо органа, наделённого его полномочиями (п. 1.1 ст. 140 НК РФ).
Сроки подачи у жалоб разные. Апелляционная жалоба на решение о привлечении или об отказе в привлечении к ответственности подаётся до дня вступления его в силу (п. 2 ст. 139.1 НК РФ). Жалоба в вышестоящий налоговый орган — по общему правилу в течение одного года со дня, когда лицо узнало или должно было узнать о нарушении прав, а на вступившее в силу решение, не обжалованное в апелляционном порядке, — в течение одного года со дня его вынесения (п. 2 ст. 139 НК РФ).
Отдельно стоит упрощённый порядок: электронная жалоба с указанием на него может быть рассмотрена самим налоговым органом, чьи акты, действия или бездействие обжалуются (п. 1, 2 ст. 140.1 НК РФ); срок — семь дней со дня получения жалобы (п. 3 ст. 140.1 НК РФ).
Итог рассмотрения — одно из решений п. 3 ст. 140 НК РФ: оставить жалобу без удовлетворения, отменить акт, отменить решение полностью или в части, отменить его полностью и принять новое либо признать действия или бездействие незаконными и вынести решение по существу.