Налог, принятый к вычету по товарам (работам, услугам), основным средствам, нематериальным активам и имущественным правам, подлежит восстановлению только в случаях, перечисленных в п. 3 ст. 170 НК РФ. Для каждого случая закон называет свой размер и свой налоговый период.
Основания по п. 3 ст. 170 НК РФ: вклад в уставный (складочный) капитал или по договору инвестиционного товарищества, паевой взнос в кооператив, передача имущества в доверительное управление управляющей компании паевого фонда, недвижимости — в целевой капитал некоммерческой организации (подп. 1); использование товаров в операциях из п. 2 той же статьи (подп. 2); аванс поставщику (подп. 3); уменьшение стоимости отгрузки (подп. 4); субсидии на возмещение затрат (подп. 6); отсутствие раздельного учёта затрат при субсидиях (подп. 7). Подпункт 2 не применяется, в частности, к передаче имущества правопреемнику при реорганизации, участнику простого товарищества при выделе доли или разделе имущества, к безвозмездной передаче недвижимости в государственную казну.
Отдельный порядок установлен для капитального строительства, недвижимости (за исключением космических объектов), морских, речных и воздушных судов и строительно-монтажных работ (п. 2 ст. 171.1 НК РФ). Если такой объект в дальнейшем используется в операциях, по которым налог учитывается в стоимости, налог восстанавливается (п. 3 ст. 171.1 НК РФ). Расчёт ведётся исходя из одной десятой суммы налога, принятой к вычету, в соответствующей доле (п. 5 ст. 171.1 НК РФ), а сумма отражается в декларации за каждый календарный год из десяти лет (п. 4 ст. 171.1 НК РФ).