Чаще всего эту фразу произносят про единый государственный реестр юридических лиц. Там исключение означает, что регистрирующий орган признал организацию фактически прекратившей деятельность: она в течение последних двенадцати месяцев не представляла налоговую отчётность и не совершала операций хотя бы по одному банковскому счёту. Такое юридическое лицо называется недействующим и исключается по решению самого органа, без суда и без ликвидации.
Порядок при этом защитный. Решение о предстоящем исключении публикуется в течение трёх дней вместе со сведениями о порядке и сроках направления возражений, а на следующий рабочий день размещается на сайте органа. Возражения вправе направить сама организация, её кредиторы и иные лица, чьи права затрагиваются, — не позднее трёх месяцев со дня опубликования. Если возражения поступили, решение об исключении не принимается.
В отраслевых реестрах — аккредитации образовательных организаций, лицензий, в том числе медицинских организаций, субъектов малого и среднего предпринимательства, маломерных судов, микрофинансовых организаций, выбросов парниковых газов — исключение означает другое: утрату статуса, права или льготы. Организация продолжает существовать, но лишается того, ради чего запись и велась.
Отсюда и разный способ защиты. По ЕГРЮЛ работает специальный порядок: возражения до исключения и годичный срок обжалования после. По отраслевым реестрам — общий порядок оспаривания решений, действий и бездействия органов с трёхмесячным сроком обращения в суд.