Выпуск товара не закрывает вопросов у таможни. Таможенный контроль после выпуска товаров проводится до истечения трёх лет с момента, когда товары перестали находиться под таможенным контролем. Главная форма такого контроля — таможенная проверка: сопоставление сведений декларации с бухгалтерским учётом и отчётностью, счетами и иной информацией.
Проверка бывает камеральной и выездной. Камеральная идёт в таможне по документам, без выезда и без ограничения периодичности; о её начале компанию уведомляют в день начала, и длится она до девяноста календарных дней, с однократным продлением на сто двадцать. Выездная проводится на объектах компании по решению начальника таможни, длится до двух месяцев с продлением на месяц и приостановлением до девяти месяцев.
Чаще всего предмет проверки — таможенная стоимость, код ТН ВЭД, страна происхождения, льготы и уплата таможенных платежей. Таможня вправе запрашивать документы, проводить осмотр, экспертизу и встречные проверки у контрагентов. Организация таможенной проверки у компании — это назначение ответственных за документы, контроль сроков требований и единая позиция по спорным вопросам.
Итог — акт таможенной проверки, на который есть пятнадцать рабочих дней для возражений, и решение, например о внесении изменений в декларацию и доначислении платежей. Решение обжалуется; если выявлены признаки правонарушения, параллельно возбуждается дело по КоАП.