В каких случаях нужно вести раздельный учёт НДС

Начните с того, какие операции ведёт бизнес. Если наряду с облагаемой деятельностью есть операции, освобождённые по ст. 149 НК РФ, их нужно учитывать раздельно. Эта обязанность касается операций, а вопрос о вычете налога по покупкам решается по правилам ст. 170 НК РФ ч.2. Не смешивайте эти два предмета учёта: они отвечают на разные вопросы — что реализовано и для чего приобретено.

Чтобы определить судьбу входного НДС — налога, предъявленного при покупке, — разделите приобретения по использованию. Налог по покупкам для необлагаемых операций учитывают в стоимости. По покупкам для облагаемой деятельности его принимают к вычету. Если товары, работы, услуги или имущественные права нужны обоим направлениям, налог распределяют: часть идёт в вычет, часть — в стоимость. Порядок такого распределения закрепляют в учётной политике для целей налогообложения с учётом особенностей п. 4.1 ст. 170 НК РФ ч.2.

Правило 5 процентов относится к расходам, а не к доле выручки. Сравнивают совокупные расходы на приобретение, производство и реализацию для необлагаемых операций с общей величиной совокупных расходов. Если доля за налоговый период не превышает 5 процентов, налог по общим приобретениям можно принять к вычету без распределения по пропорции. Это послабление из ст. 170 НК РФ ч.2 касается покупок для обоих направлений. Учёт облагаемых и освобождённых операций по п. 4 ст. 149 НК РФ продолжает требоваться.

Отсутствие раздельного учёта при обязанности его вести влечёт потерю вычета по приобретениям. Включить этот налог в расходы для расчёта налога на прибыль организаций или налога на доходы физических лиц также нельзя — ст. 170 НК РФ ч.2. Для применяющих упрощённую систему налогообложения со специальными ставками НДС предусмотрено исключение из правил соответствующего пункта этой статьи.

Отдельная ситуация — покупки за счёт субсидий или бюджетных инвестиций. Когда конкретные приобретения при предоставлении средств не определены, разграничивают затраты за счёт бюджетного финансирования и других источников. При отсутствии такого учёта ранее принятый к вычету налог восстанавливают в соответствующей доле в последнем налоговом периоде календарного года — подп. 7 п. 3 ст. 170 НК РФ ч.2. При восстановлении бюджетное финансирование влияет на сумму налога, которую прежде уже приняли к вычету.

Проверьте условия финансирования: если документы предусматривают оплату затрат без включения предъявленного или уплаченного при ввозе НДС, правила п. 2.1 ст. 170 НК РФ ч.2 не применяются. Есть и специальная обязанность для клиринговых организаций, воспользовавшихся правом из подп. 1 п. 5.1 этой статьи: они раздельно учитывают перечисленные в подп. 5 суммы налога по приобретениям и реализации.