Что делать, если счёт-фактура не принят к учёту

Начните с причины, по которой счёт-фактура не принят. Для обычной покупки нужно различать получение документа от продавца и принятие на учёт самих товаров, работ, услуг или имущественных прав. Вычет НДС связан с учётом покупки и наличием соответствующих первичных документов. Счёт-фактура продавца служит основанием для вычета, а отражение покупки в учёте подтверждает выполнение другого условия. Проверять эти обстоятельства нужно вместе — п. 1 ст. 172 НК РФ.

Если покупка ещё не принята на учёт, сначала решите вопрос с её отражением и подтверждающей первичкой. Сопоставьте сведения о приобретённых товарах, выполненных работах или оказанных услугах с документами, которыми оформлена покупка. Когда приобретение уже учтено, установите, какие первичные документы имеются по этой операции. При выборе момента вычета ориентируйтесь на принятие покупки на учёт при наличии соответствующих первичных документов — п. 1 ст. 172 НК РФ.

Если счёт-фактура пришёл с опозданием, определите две даты: когда покупку приняли на учёт и когда получили документ продавца. Затем сопоставьте получение со сроком представления декларации за период учёта покупки. Если документ получен после завершения этого периода, но до срока подачи декларации за него, покупатель вправе принять НДС к вычету с периода, в котором покупка была учтена. Такое правило позволяет использовать вычет за период покупки при позднем поступлении счёта-фактуры — п. 1.1 ст. 172 НК РФ.

Если вычет по приобретению пока не заявлен, проверьте, сколько времени прошло после принятия покупки на учёт. Для приобретённых в России товаров, работ, услуг, имущественных прав и ввезённых товаров предусмотрена возможность заявить соответствующие вычеты в налоговых периодах в пределах трёх лет. Отсчёт связан с учётом покупки, поэтому дату получения счёта-фактуры нельзя использовать вместо даты принятия приобретения на учёт при расчёте этого предела — п. 1.1 ст. 172 НК РФ.

Для аванса подготовка будет другой. Если счёт-фактура относится к перечисленной оплате в счёт будущей поставки, проверьте документы о фактическом перечислении денег и договор, предусматривающий такую оплату. Основание для соответствующего вычета составляют эти документы вместе со счётом-фактурой продавца. Здесь нужно установить, относится ли спор к уже состоявшемуся приобретению или к оплате будущей поставки: условия вычета по авансу закреплены отдельно в п. 9 ст. 172 НК РФ.

При изменении стоимости поставки проверьте, о каком документе идёт речь. Для вычета разницы нужен корректировочный счёт-фактура и договор, соглашение либо иной первичный документ, подтверждающий согласие покупателя или факт его уведомления об изменении стоимости. Для этого вычета трёхлетний срок отсчитывается с момента составления корректировочного счёта-фактуры. Отличайте его от срока по первоначальному приобретению — п. 10 ст. 172 НК РФ.