Младший состав включает прапорщика и старшего прапорщика таможенной службы. Средний начальствующий состав — младшего лейтенанта, лейтенанта, старшего лейтенанта и капитана таможенной службы. К старшему начальствующему составу относятся майор, подполковник и полковник таможенной службы, п. 2 ст. 5 Закона № 114-ФЗ.
Высший начальствующий состав — генерал-майор, генерал-лейтенант, генерал-полковник таможенной службы и действительный государственный советник таможенной службы Российской Федерации. Соответствующий перечень должностей и званий утверждает Президент Российской Федерации, п. 2, 4 ст. 5 Закона № 114-ФЗ.
Первое и очередные специальные звания различаются по основанию присвоения; звания присваиваются в соответствии с занимаемыми должностями, п. 1–2 ст. 12 Закона № 114-ФЗ. Для первого звания лейтенанта гражданину нужны высшее образование, приём на службу и назначение на должность, которой соответствует звание лейтенанта таможенной службы или выше, подп. 3 п. 3 ст. 13 Закона № 114-ФЗ.
Учёная степень или учёное звание дают отдельное основание: очередное специальное звание присваивается на ступень выше звания по должности, до полковника таможенной службы включительно. Его присваивает руководитель Федеральной таможенной службы. Присвоения досрочно или на ступень выше звания по должности допускаются суммарно не более двух раз за всю службу, п. 10–12 ст. 12 Закона № 114-ФЗ.